Bali a hérité de nombreuses influences du grand empire javanais Majapahit, qui domina une grande partie de l’archipel indonésien entre le 14e et le 16e siècle. A partir de la fin du 13e siècle, Bali tomba sous l’hégémonie de Java, alors dominée par le royaume de Singosari, la dynastie qui a précédé Majapahit à Java Est. La chute de Singosari en 1292 permit à Bali de se libérer de l’emprise javanaise, mais au début du 14e siècle, les nouveaux princes Majapahit menèrent une série de campagnes militaires contre Bali qui aboutirent à l’installation d’un roi javanais à Samprangan, dans la province actuelle de Gianyar et à la mise en place d’une élite dirigeante javanaise sur l’île.
Vers la fin du 15e siècle, l’empire Majapahit, menacé par les nouveaux royaumes musulmans installés sur la côte nord de Java, amorça un déclin progressif qui se termina par sa chute au début du 16e siècle. Le déclin Majapahit entraîna un important flux migratoire de réfugiés javanais vers Bali. Parmi eux, de nombreux prêtres, artistes et artisans apportèrent un nouveau souffle à la vie culturelle et religieuse de l’île et introduisirent de nouveaux éléments à l’architecture des temples balinais.
Les temples en ruine de Java Est révèlent que l’orientation religieuse à l’époque Majapahit était à prédominance hindoue, tout en ayant intégré de nombreux composants du bouddhisme. Cette même combinaison d’hindouisme shivaïte et de bouddhisme se produit à Bali sous l’influence Majapahit. L’un des apports majeurs des javanais à la religion balinaise est la crémation. Les Balinais shivaïtes continuent ainsi aujourd’hui à incinérer leurs morts puis à jeter les cendres à la mer, contrairement aux Bali Aga, une ethnie balinaise qui n’a pas été influencée par Java et que l’on peut rencontrer par exemple au village de Tenganan à Bali Est.
Concernant l’architecture des temples balinais, l’influence Majapahit est visible dès l’entrée, par les grandes portes distinctives nommées candi bentar, dont la technique de construction remonte à l’âge d’or Majapahit.
Outre l’architecture et les rites religieux, l’influence Majapahit se retrouve dans les arts, la danse et la littérature balinaise. On peut ainsi dire que la culture de Bali a été façonnée par la culture hindoue javanaise de Majapahit. C’est pourquoi Java est considérée comme la grande sœur de Bali et que l’on peut parfois entendre l’expression populaire : « Sans Java, il n’y a pas Bali ». En retour, Bali a permis de sauvegarder et de préserver l’ancienne civilisation hindouiste javanaise.